La clasificación del bien, que incluye la grúa exterior, refiere el texto publicado en RD, "refleja los criterios" exigidos por la ley para esa distinción, a saber, "el genio del respectivo creador, el interés del bien como testimonio notable de vivencias o hechos históricos , su valor intrínseco estético, técnico y material, su diseño arquitectónico, urbanístico y paisajístico y su extensión y lo que en él se refleja desde el punto de vista de la memoria colectiva".

Situado en el frente fluvial de Miragaia, para su clasificación como monumento nacional, el edificio Alfândega destaca "no sólo por sus dimensiones, sino principalmente por su calidad arquitectónica y su integración urbana en el corazón de la zona histórica de Oporto, y dentro de los límites de la zona de protección especial del Centro Histórico de Oporto, resultante de la zona tampón establecida por la UNESCO".

El decreto, visto y aprobado por el Consejo de Ministros el 22 de junio, destaca también los "profundos cambios urbanos y paisajísticos" que el edificio representó en el siglo XIX con la "construcción de la enorme plataforma del muelle sobre la playa de Miragaia, su conexión , a través de un ramal ferroviario, con la estación de Campanhã y la apertura de la Rua Nova da Alfândega".

La tipología del edificio es "neoclásica de inspiración anglo-palladiana, implantada longitudinalmente en relación al río, que se abre, por un lado, a la ciudad y, por otro, al Duero, siendo precedida aquí por la gran grúa externa destinada a la carga y descarga del muelle fluvial", se lee.

También se menciona el uso del hierro en conjunción con otros materiales, como la piedra, el ladrillo o la madera, en función de la funcionalidad de los diferentes espacios, articulados a través de patios interiores.

La Alfândega Nova do Porto alberga el Centro de Congresos de la Alfândega y el Museo de los Transportes y las Comunicaciones, habiendo sido objeto de una obra de restauración a cargo del arquitecto Eduardo Souto de Moura.