Nel 1794 Elizabeth sposò William Seton, dal quale ebbe cinque figli. Durante il loro viaggio a Livorno, in Italia, nel 1803, William morì. Gli amici cattolici si dimostrarono così gentili con lei che si interessò alla loro fede. Nel 1805, nonostante la forte opposizione dei suoi amici episcopaliani, divenne cattolica. Tre anni dopo aprì una scuola a Baltimora.

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L'anno successivo fondò a Emmitsburg, nel Maryland, la prima casa di quella che poi divenne la Congregazione delle Suore della Carità di San Giuseppe. Eletta prima superiora dell'ordine, mantenne la carica fino alla morte, avvenuta nel 1821. Le Suore della Carità, la cui regola era modellata su quella delle Figlie della Carità di San Vincenzo de' Paoli, gettarono le basi del sistema scolastico parrocchiale in America.