Înainte de a fi numit secretar de stat în iulie 2021, Juan Fernández Trigo a fost șef de misiune la Ambasada Spaniei în Venezuela, când reprezentanța a rămas fără ambasador, deoarece guvernul de la Madrid nu a recunoscut legitimitatea regimului lui Nicolás Maduro.

De-a lungul carierei sale diplomatice, a fost ambasador spaniol în Haiti, Paraguay, Cuba și ambasador șef al Delegației Uniunii Europene în Uruguay.

Din 2017 până în 2018, Juan Fernández Trigo a fost membru consultativ al Oficiului pentru Afaceri Externe și Cooperare și coordonator al aplicării articolului 155 din Constituția Spaniei.