До назначения на пост госсекретаря в июле 2021 года Хуан Фернандес Триго был главой миссии в посольстве Испании в Венесуэле, когда представительство осталось без посла, поскольку правительство Мадрида не признало легитимность режима Николаса Мадуро.

На протяжении своей дипломатической карьеры он был послом Испании на Гаити, в Парагвае, на Кубе и главным послом представительства Европейского союза в Уругвае.

С 2017 по 2018 год Хуан Фернандес Триго был консультативным членом Управления иностранных дел и сотрудничества, а также координатором применения статьи 155 Конституции Испании.