Offren, som är i 20-40-årsåldern, befann sig på Ismaili Centre på Avenida Lusíada när en man kom in i lokalen med en kniv.
I ett uttalande rapporterade PSP att attacken ägde rum klockan 11.00 och att den utfördes av "en man beväpnad med en stor kniv". PSP sköt den misstänkte mannen i benet, som nu befinner sig på Hospital de San Jose i Lissabon.
Enligt PSP rapporterades attacken "med ett knivvapen" mot Ismaili-centret till polisen klockan 10.57, och de första agenterna som reagerade på händelsen anlände till platsen en minut senare.
"Polisen stötte på en man beväpnad med en stor kniv. Man beordrade angriparen att upphöra med attacken, vilket han inte lydde och gick fram mot poliserna med kniven i handen", avslöjade PSP och tillade att agenterna inför detta "allvarliga hot" sköt mot angriparen och "träffade och neutraliserade angriparen".
I ett uttalande som skickats till Lusa avslöjade ordföranden för det nationella rådet för den muslimska ismaili-samfundet, Rahim Firozali, att attacken ägde rum när lektioner och andra aktiviteter pågick på ismailicentret, men sade att han inte kände till motivationen hos mannen som gick in i centrets lokaler.
För närvarande pågår en utredning av rättspolisen.
Angriparen transporterades till Hospital de São José (Lissabon), där han behandlas för skador som orsakats av PSP:s ingripande.
En källa från det nationella institutet för medicinska nödsituationer(INEM) som Lusa har kontaktat säger att larmet kom klockan 10.53: "Det finns två döda och två allvarligt skadade, varav den ena fördes till Hospital de São José och den andra, på egen hand, till Santa Maria-sjukhuset".
PSP har vädjat om medborgarnas lugn och ro och konstaterat att "nödvändig personal mobiliserades för att genomföra lämpliga och brådskande säkerhetsåtgärder".