I ett uttalande förklarar AMN att efter att ha fått information från den portugisiska miljöbyrån (APA), som ansvarar för att utföra analyserna, och som avrådde från att bada på stranden, gavs instruktioner om att hissa den röda flaggan.
Man satte också upp anslag om badförbud vid strandens tillträdespunkter.
Azarujinha-stranden ligger i São João do Estoril, i kommunen Cascais, i Lissabondistriktet.
Avstängningarna kommer att gälla tills resultaten av den nya analysen av vattenkvaliteten visar att de mikrobiologiska värdena ligger inom referensparametrarna, enligt AMN.