Chefsinspektör José Aleixo talade på Lissabons flygplats efter det att beredskapsplanen för att öka de mänskliga och elektroniska resurserna på de nationella flygplatserna trätt i kraft i huvudstaden.
"Passagerarflödet är alltid stort, det kommer alltid att finnas väntetider och köer, men vi arbetar för att förbättra det", sade José Aleixo.
SEF:s chefsinspektör sade att mellan kl. 5.20 och 9.00 den 3 juni anlände 20 flygningar med 4 000 personer.
De nationella flygplatserna kommer att få en förstärkning av 238 delar av SEF och PSP under sommarmånaderna, 82 procent mer än den nuvarande personalen vid gränskontrollstationerna, enligt den beredskapsplan som presenterades på tisdagen.
Den nationella direktören för utlännings- och gränstjänsten (SEF), Fernando Silva, uppgav att denna förstärkning av personalresurser kommer att ske gradvis och stabiliseras den 4 juli.