"Vad jag vill är att vi ska kunna nå konvergenspunkter på ett sådant sätt att det inte är nödvändigt att genomföra en strejk, eftersom det är uppenbart att en strejk alltid har effekter, nämligen i fråga om den trängsel som uppstår vid gränserna", sade José Luís Carneiro.
SEF:s inspektörer och administrativ personal kommer att strejka i sex dagar under påsken på grund av det sätt på vilket regeringen avser att överföra arbetstagare till andra organ inom ramen för stängningen av SEF.
Tjänstemannen sade att han för en dialog med fackföreningarna och betonade att regeringen har lyckats svara på det som verkligen är väsentligt, men att det finns frågor som fortfarande är olösta och att José Luís Carneiro därför kommer att träffa fackföreningarna i dag.
Fackförbundet SINSEF (Union of Employees of the Foreigners and Borders Service), som omfattar anställda med icke-polisiära funktioner, lämnade i förra veckan ett strejkvarsel för den 5 och 6 april.
SEF:s fackförening för forskare och inspektörer (SCIF/SEF) har också utfärdat ett strejkvarsel mellan den 6 och 10 april, vilket sammanfaller med påsken, vilket skulle kunna orsaka störningar på flygplatserna.