Dessa tre distrikt kommer att vara under varning mellan 12:00 och 18:00 idag och sedan mellan 00:00 på tisdag och 00:00 på onsdag.
IPMA utfärdade också en orange varning för hela den portugisiska kusten på grund av oroligheter i havet och gul varning för 14 distrikt på grund av regn, som kan vara kraftigt och åtföljas av åskväder.
Den dåliga väderprognosen för de närmaste dagarna ledde till att National Emergency and Civil Protection Authority(ANEPC) utfärdade en varning till befolkningen på söndagen och varnade för risken för översvämningar i städer, översvämningar och jordskred.
I meddelandet uppmanar ANEPC till "lämpligt beteende" för att förhindra konsekvenserna av dåligt väder, nämligen att blockera vattenavloppssystem och fixa lösa strukturer".