Enligt ett meddelande från den portugisiska jordbruksorganisationen(CAP) rapporterades utbrott i Grekland den 11 juli, hos getter och får.
Dessa spred sig så småningom och nådde fem regioner, med totalt 42 utbrott (uppgifter från den 7 augusti).
I Rumänien rapporterades det första utbrottet den 19 juli, som sedan spred sig till fyra regioner.
Fram till den 7 augusti hade cirka 56 utbrott hos getter och får rapporterats i Rumänien.
De två medlemsländerna har redan vidtagit kontrollåtgärder.
Restriktions-, skydds- och övervakningszoner har upprättats runt utbrotten.
Dessutom har export och förflyttning av små idisslare och deras produkter från hela landet till en annan medlemsstat och tredje land förbjudits, "utom om destinationslandet ger sitt skriftliga medgivande".
Enligt DGAV har pest hos små idisslare aldrig förekommit i Portugal.
Generaldirektoratet har dock krävt att åtgärderna ska skärpas.
Sjukdomen överförs huvudsakligen via aerosoler eller genom direktkontakt mellan djur.
Tårar, näsflöde, sputum, sekret och exkrementer från sjuka djur är några av de källor som sprider viruset.
"PPR [peste des petits ruminants] beskrevs ursprungligen i Elfenbenskusten, men förekommer i de flesta afrikanska länder, söder om Sahara och norr om ekvatorn, och i nästan alla länder i Mellanöstern upp till Turkiet", tillade han.
Sjukdomen är också utbredd i Indien och sydvästra Asien.
Fokusområden för sjukdomen har också upptäckts i Tibet, Marocko och Östafrika.
Peste des petits ruminants är en smittsam sjukdom som främst drabbar får och getter. Den är inte överförbar till människor.
Dödligheten i samband med denna sjukdom är mellan 50 och 100 procent.
Sjukdomen har associerade symtom som feber, andningssvårigheter, näsflöde, nekrotisk stomatit och dålig andedräkt.