Distrikten Porto, Viana do Castelo, Lissabon, Leiria, Aveiro, Coimbra och Braga kommer att omfattas av den orange varningen på fredag från kl. 12.00.
Institutet förutspår "vågor från väst/nordväst som mäter fem till sex meter och som potentiellt kan nå tio meter i maximal höjd", enligt ett uttalande från IPMA.