1621 में वे जापान गए। सामाजिक जीवन के भीतर कैथोलिकों और ईसाइयों की संख्या पर वहां असंतोष बढ़ रहा था। तोकुगावा राजवंश के दूसरे शोगुन ने एक डिक्री जारी की। इसने ईसाई धर्म के किसी भी शिक्षण या अभ्यास पर प्रतिबंध लगा दिया। सभी मिशनरियों को मौत की धमकी के तहत जापान छोड़ने के लिए कहा गया था।

कार्वाल्हो दो साल तक एक सैनिक के रूप में प्रच्छन्न अमाकुसा द्वीप पर रहता था। उन्होंने जापानी सीखा और खुद को जापानी संस्कृति में आत्मसात कर लिया। तब द्वीप के गवर्नर ने दूसरों को स्वीकार किया कि मिगुएल वास्तव में एक मिशनरी था और उसे द्वीप से निकाल दिया गया था।

कुछ मदद से उन्होंने इसे नागासाकी में बनाया जहां उन्होंने अपने मिशनरी काम को जारी रखा और विश्वासियों के एक छोटे समूह की देखभाल की। जुलाई 1623 में वह ओमुरा से लौट रहा था और एक मुखबिर के शब्द पर गिरफ्तार किया गया था। उन्हें स्थानीय जेल में ले जाया गया जहां वह कैद में दो स्पेनिश और दो जापानी मिशनरियों के साथ शामिल हो गए। उन्होंने अपना समय जेल में प्रार्थना करने और दैनिक जन कहने में बिताया।



कैदियों को मौत की सजा सुनाई गई और मिगुएल और उनके साथी बंदियों को 25 अगस्त 1624 को दांव पर जला दिया गया।


वह ब्रागा कैंपस में कैथोलिक विश्वविद्यालय पुर्तगाल के दर्शनशास्त्र विभाग के संरक्षक संत हैं और उनकी दावत का दिन 25 अगस्त है।