Johannes werd geboren in de Spaanse regio Castilië en werd op 14-jarige leeftijd naar de universiteit van Salamanca gestuurd om rechten te studeren. Later verhuisde hij naar Alcala, waar hij filosofie en theologie studeerde voordat hij tot diocesaan priester werd gewijd.

Nadat Johns ouders stierven en hem als enige erfgenaam een aanzienlijk fortuin nalieten, verdeelde hij zijn geld onder de armen. In 1527 reisde hij naar Sevilla in de hoop missionaris in Mexico te worden. De aartsbisschop van die stad haalde hem over om te blijven en het geloof te verspreiden in Andalusië (Zuidwest-Spanje). Gedurende de negen jaar dat hij daar werkte, ontwikkelde hij een reputatie als een innemende prediker, een scherpzinnige geestelijk leidsman en een wijze biechtvader.

Later werkte hij in Cordoba en vervolgens in Granada, waar hij de Universiteit van Baeza organiseerde, de eerste van verschillende colleges die werden geleid door diocesane priesters die zich toelegden op onderwijs en geestelijke begeleiding van jonge mensen.

Hij was bevriend met de heilige Franciscus Borgia, Ignatius van Loyola, Johannes van God, Johannes van het Kruis, Petrus van Alcantara en Teresa van Avila.

Hij werd zalig verklaard in 1894, heilig verklaard in 1970 en uitgeroepen tot doctor van de Kerk op 7 oktober 2012.