Distrikten Faro och Beja kommer att vara under orange varning fram till kl. 15.00 medan Lissabon och Setúbal kommer att vara under orange varning fram till kl. 12.00 idag.
Dessa fyra distrikt är också under gul varning fram till kl. 15.00 idag på grund av frekventa och spridda åskväder.
Nederbördsprognosen för Algarve ledde till att den nationella myndigheten för nödsituationer och civilskydd(ANEPC) på torsdagen varnade befolkningen i regionen för episoder av "stark och mycket frekvent" vind och regn som kan orsaka översvämningar och bad att endast viktiga resor skulle göras.
Det portugisiska institutet för hav och atmosfär (IPMA) placerade också distrikten Bragança, Évora, Guarda, Santarém, Leiria, Castelo Branco och Portalegre under gul varning idag på grund av kraftigt regn och åskväder fram till kl. 15.00.
Distrikten Viseu, Porto, Vila Real, Viana do Castelo, Aveiro, Coimbra och Braga är under gul varning på grund av regn fram till kl. 21.00 idag.
Distrikten Évora, Faro, Setúbal, Santarém, Lissabon, Leiria, Beja, Castelo Branco och Portalegre har återigen en gul varning mellan kl. 03.00 och 15.00 på lördag på grund av kraftigt regn och åska.
IPMA har också utfärdat en gul varning på grund av regn för nordkusten, sydkusten och bergsområdena på ön Madeira fram till kl. 09.00 idag.
För öarna Madeiras och Porto Santos norra kust gäller också en gul varning mellan kl. 12.00 på lördagen och midnatt på söndagen på grund av oroligheter till havs, med nordvästliga vågor på 4 till 4,5 meter.
Den orange varningen utfärdas av IPMA när det finns en måttlig till hög risk för meteorologisk situation och den gula varningen när det finns en risksituation för vissa aktiviteter beroende på den meteorologiska situationen.
IPMA förutspår för idag på kontinenten i allmänhet mycket molnig himmel, ibland kraftig nederbörd åtföljd av åskväder, starka vindar i höglandet och en liten ökning av minimitemperaturen.
Minimitemperaturen kommer att ligga mellan 11 grader Celsius (i Guarda och Viseu) och 18 (i Lissabon och Setúbal) och maximitemperaturen mellan 16 (i Guarda och Viseu) och 24 (i Évora, Setúbal och Santarém ).
För ögruppen Madeira pekar prognosen på generellt mycket molnig himmel, perioder med regn eller skurar, ibland starka fram till sen morgon, förhållanden som är gynnsamma för förekomsten av åskväder, måttlig till stark vind, ibland med vindbyar på upp till 60 kilometer i timmen, särskilt på höglandet och en liten minskning av minimitemperaturen.
I Funchal kommer temperaturen att variera mellan 22 och 27 grader och i Porto Santo mellan 22 och 25 grader.