"Vi är i Algarve, i det område i landet där det är svårast att fånga upp och hålla kvar vatten, vi upplever översvämningar i Algarve, och vi kommer att vara de närmaste dagarna", varnade han.
"Vi förbereder dessutom hela vårt civilskyddssystem för att kunna mildra topparna av regn i Algarve och Alentejo och de möjligheter till översvämningar som förväntas inträffa under de kommande dagarna", tillade han.
Centrum och södra delen av landet förväntas bli särskilt drabbade av kraftiga hagelstormar, åtföljda av åskväder, under de kommande dagarna, enligt en civilskyddsvarning, om möjligheten till extrema vindfenomen.
Baserat på prognoser från det portugisiska institutet för havet och atmosfären(IPMA) utfärdade civilskyddet en varning till befolkningen enligt vilken "större potential för svårighetsgrad" förväntas i nedre Alentejo och Algarve.
Med tanke på prognoserna varnade National Emergency and Civil Protection Authority för risken för översvämningar i stadsområden, översvämningar orsakade av överflöd av floder och bäckar och jordskred.
Det finns också risk för att dricksvattnet förorenas av "inerta ämnen som härrör från bränder på landsbygden".
Att lösa föremål släpas ut på vägarna eller att mobila eller dåligt fastsatta strukturer lossnar på grund av stark vind kan "orsaka olyckor med fordon i trafik" och fotgängare på allmänna vägar, specificerade myndigheten i ett uttalande.