Distrikten Viana do Castelo, Braga, Porto, Aveiro, Coimbra, Leiria och Lissabon kommer att omfattas av en orange varning mellan kl. 12.00 i dag och midnatt på lördag.
Institutet förutspår "vågor från väst/nordväst som mäter fem till sex meter och som kan nå tio meter i maximal höjd".
Dessa sju distrikt övergår sedan till en gul varning, också på grund av prognosen om stark havsagitation, vind och nederbörd.
Distrikten Beja, Bragança, Castelo Branco, Faro, Guarda, Setúbal, Vila Real och Viseu kommer också att omfattas av en gul varning från kl. 12.00 idag, vissa på grund av grov sjö, andra på grund av prognosen för perioder med regn, ibland kraftigt.
Den nationella sjöfartsmyndigheten(AMN) och marinen varnade på torsdagen för "en avsevärd försämring" av väderförhållandena och grov sjö i norra Portugal, från midnatt på fredag till middagstid på lördag.
För lördag informerar IPMA att alla distrikt på den portugisiska kusten kommer att vara under en gul varning på grund av prognosen för grov sjö.
Därför kommer Viana do Castelo, Braga, Porto, Aveiro, Coimbra, Leiria, Santarém, Lissabon, Setúbal, Beja och Faro att förbli under gul varning fram till midnatt på söndag.
För i dag förutspår IPMA perioder med regn, ibland kraftigt i norr och i mitten, som gradvis övergår i skurar. Starka vindar förutspås fortfarande på västkusten och i högländerna, förutom stark havsagitation.
IPMA förutspår också möjligheten till åskväder i de norra och centrala regionerna från eftermiddagen och framåt.
Det förutspås också en liten ökning av minimitemperaturen och en liten minskning av maximitemperaturen.