Die Fluggesellschaft warnte, dass die unbefristete Arbeitsniederlegung eine "kumulative und negative Auswirkung" auf die Kunden haben wird und möglicherweise zu Flugstreichungen in letzter Minute führt.
In einer Erklärung sagte Aer Lingus: "Um so viele Flüge wie möglich vor den Auswirkungen des Streiks zu schützen, müssen wir in den ersten fünf Tagen - Mittwoch, 26. Juni, bis Sonntag, 30. Juni - zwischen 10 und 20 % unserer Flüge streichen.
"Diese Annullierungen werden in den nächsten zwei Tagen durchgeführt. Dieser Schritt ist notwendig, um so viele Flüge wie möglich für unsere Kunden zu sichern."
Darüber hinaus kündigte Aer Lingus mehrere Optionen für Kunden an, die von den Streiks der Irish Air Line Pilots' Association betroffen sind.
Die Kunden können ihre Flüge kostenlos umbuchen, stornieren und eine Erstattung oder einen Gutschein beantragen.
Aer Lingus wies darauf hin, dass der Arbeitskampf in die Hauptreisezeit für Familien fällt.
Die Fluggesellschaft erklärte: "Wir werden alles tun, um die Auswirkungen auf die Kunden so gering wie möglich zu halten. Störungen sind jedoch aufgrund des Arbeitskampfes unvermeidlich. Wir werden die betroffenen Kunden so schnell wie möglich über alle Änderungen, Verspätungen oder Annullierungen informieren.
"Im Falle von Flugausfällen werden wir versuchen, unsere Kunden schnellstmöglich umzuplanen und werden mit Partnerfluggesellschaften zusammenarbeiten und, falls erforderlich, zusätzliche Flugzeuge anmieten."