Lisbonne dispose à présent de deux mois pour répondre de manière adéquate aux questions soulevées dans la lettre de notification et, si ce n'est pas le cas, la Commission pourrait décider d'envoyer un avis motivé.

Selon Bruxelles, le Portugal n'a pas mis en place de système de surveillance des captures accidentelles et de la mort d'espèces protégées telles que le dauphin commun (Delphinus delphis), le grand dauphin (Tursiops truncatus) et le dauphin de rivière (Phocoena phocoena) dans les eaux relevant de sa juridiction, des espèces strictement protégées en vertu de la directive "Habitats".

L'exécutif communautaire considère également que le Portugal n'a pas pris les mesures nécessaires pour éviter des perturbations significatives des deux dernières espèces dans plusieurs sites Natura 2000 désignés pour leur protection.