I slutet av det 200,8 kilometer långa loppet vann Thijsen på 4:52.04 timmar, samma tid som holländaren Marijn Van den Berg (EF Education-EasyPost) och belgaren Jordi Meeus (BORA-hansgrohe), tvåa respektive trea.
Tack vare bonusarna har Thijsen totalt sett fyra sekunders försprång på Van den Berg och sex på Meeus.
På torsdag körs den andra etappen mellan Lagoa och Alto da Fóia.