Selon une déclaration de l'exécutif communautaire, "contrairement à la directive et à la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne, la législation portugaise permet de prendre en compte non seulement les mesures d'atténuation, mais aussi les mesures compensatoires pour les dommages attendus du projet lorsqu'il s'agit de déterminer si un projet a un effet significatif sur les sites Natura 2000. Permettre l'inclusion de ces mesures compensatoires au cours de l'évaluation d'un projet compromet le résultat de l'évaluation".

La directive "Habitats" (directive 92/43/CEE) prévoit que les plans et projets susceptibles d'avoir une incidence significative sur un site Natura 2000 doivent faire l'objet d'une évaluation appropriée de leurs effets sur le site avant d'être autorisés et ne peuvent l'être, sous réserve de certaines dérogations, que s'ils ne portent pas atteinte à l'intégrité du site Natura 2000.

Selon la directive en question, il s'agit de l'un des principaux instruments européens de protection de la biodiversité, qui est un objectif clé du Green Deal européen et de la stratégie 2030 pour la biodiversité.

Le Portugal dispose de deux mois pour répondre à la notification envoyée par Bruxelles.