La classificazione del bene, che comprende la gru esterna, si legge nel testo pubblicato in DR, "rispecchia i criteri" richiesti dalla legge per tale distinzione, ovvero "l'ingegno del rispettivo artefice, l'interesse del bene come testimonianza notevole di esperienze o fatti storici, il suo intrinseco valore estetico, tecnico e materiale, il suo disegno architettonico, urbanistico e paesaggistico e la sua estensione e ciò che in esso si riflette dal punto di vista della memoria collettiva".

Situato sul lungofiume di Miragaia, per la classificazione come monumento nazionale, l'edificio Alfândega si distingue "non solo per le sue dimensioni, ma soprattutto per la sua qualità architettonica e l'integrazione urbana nel cuore della zona storica di Porto, e nei limiti della zona di protezione speciale del Centro storico di Porto, risultante dalla zona cuscinetto istituita dall'UNESCO".

Il decreto, visto e approvato dal Consiglio dei Ministri il 22 giugno, sottolinea anche i "profondi cambiamenti urbanistici e paesaggistici" che l'edificio ha rappresentato nel XIX secolo con "la costruzione dell'enorme piattaforma del molo sulla spiaggia di Miragaia, il suo collegamento, attraverso una diramazione ferroviaria, alla stazione di Campanhã e l'apertura di Rua Nova da Alfândega".

La tipologia dell'edificio è "neoclassica di ispirazione anglo-palladiana, impiantata longitudinalmente rispetto al fiume, che si apre, da un lato, alla città e, dall'altro, al Douro, essendo qui preceduta dalla grande gru esterna destinata al carico e scarico della banchina fluviale", si legge.

Si parla anche dell'uso del ferro in combinazione con altri materiali, come la pietra, il mattone o il legno, a seconda della funzionalità dei diversi spazi, articolati attraverso cortili interni.

L'Alfândega Nova do Porto ospita il Centro Congressi Alfândega e il Museo dei Trasporti e delle Comunicazioni, che è stato oggetto di un intervento di restauro da parte dell'architetto Eduardo Souto de Moura.