Prima di essere nominato Segretario di Stato nel luglio 2021, Juan Fernández Trigo è stato capo missione presso l'Ambasciata di Spagna in Venezuela quando la rappresentanza è rimasta senza ambasciatore, poiché il governo di Madrid non riconosceva la legittimità del regime di Nicolás Maduro.

Nel corso della sua carriera diplomatica, è stato ambasciatore spagnolo ad Haiti, Paraguay, Cuba e ambasciatore capo della delegazione dell'Unione europea in Uruguay.

Dal 2017 al 2018, Juan Fernández Trigo è stato membro consultivo dell'Ufficio per gli affari esteri e la cooperazione e coordinatore dell'applicazione dell'articolo 155 della Costituzione spagnola.