Bevor er im Juli 2021 zum Außenminister ernannt wurde, war Juan Fernández Trigo Missionschef der spanischen Botschaft in Venezuela, als die Vertretung ohne Botschafter dastand, da die Madrider Regierung die Legitimität des Regimes von Nicolás Maduro nicht anerkannte.

Im Laufe seiner diplomatischen Karriere war er spanischer Botschafter in Haiti, Paraguay, Kuba und Chefbotschafter der Delegation der Europäischen Union in Uruguay.

Von 2017 bis 2018 war Juan Fernández Trigo beratendes Mitglied des Amts für auswärtige Angelegenheiten und Zusammenarbeit und Koordinator für die Anwendung von Artikel 155 der spanischen Verfassung.